一般常用的方法就是在内壁空间内用紫外线灯照射以及化学药品熏蒸来进行消毒，当然这种方法同样适用于鸭棚。而鸭床和鸭子的活动场地则可以用2%-4%的氢氧化钠容易等强效杀毒药品进行喷洒消毒。

另外，鸭舍内的饮水、喂食等用具可用低毒强效药液浸泡洗刷消毒，而牙缝堆积所产生的病菌可以在粪堆表面喷洒消毒液来进行消毒。