在《火影忍者》第358集中，鼬抱重病坚持战斗，一直假装要夺取佐助的眼睛，临死之前仍然维持着这种假象。
结果这场战斗佐助不胜而胜鼬不败而败，佐助也因此获得了万花筒六芒星。
之后阿飞现身，自称宇智波斑，开始向佐助揭开灭族案的真相。
当时，宇智波一族密谋叛变，鼬成为暗部和一族之间的双重间谍。
鼬不希望因为宇智波一族的野心酿成战争，接受了木叶上层下达的灭族任务，但是要求留下自己的弟弟。
知情者包括三代火影、志村团藏（曾与三代争夺火影之位的武斗派）、两位火影顾问。
斑可能也参与了灭族案。
鼬不希望佐助知道真相，而是希望佐助杀了自己以后作为英雄回到木叶。
但佐助无法接受鼬的意愿，发誓为了复仇将要毁灭木叶。
而佐助也因此成了阿飞的一颗棋子。
鼬心中怀着对世界和平的渴望，将佐助视为比自己的生命、村子更重要的存在，为了佐助的成长甘愿牺牲自己，诠释了作为哥哥的伟大。
577到580集。
叛变原因：为了保护未来的木叶，更是为了自己的弟弟宇智波佐助。
但由于宇智波家族成员并不允许干涉国家大事，也很少与外界交流，就慢慢被外界所淡化和遗忘。
其中就有人不甘现在的生活，想要恢复家族的名声和地位，有了叛变的企图。
其中就以鼬的父母为首。
但当时鼬已经成为木叶的暗部成员之一，同时也了解到了家族人计划发动战争的事情，木叶高层要求他阻止这场叛乱，即命令他杀死全族人。
在一族与木叶村的和平之间，鼬接受了这个任务，因为鼬不想让更多人受到战争的伤害。
因为要执行的任务是杀掉和自己生活了十多年的同族人，还有自己深爱的亲人，甚至有自己挚爱的弟弟佐助。
1.“优秀也是有烦恼的，有了力量就会被人孤立，也会变得傲慢起来，就算刚开始时被寄予了最大的期望。
”；
2.“一族一族，只惦记一族的你们太高估自己的实力，对未来看不见的恐怖而置之不理，低估我的力量所以才会躺在这里。
”；
3.“就是因为你们太执着于一族这种渺小的东西，所以才会忽略真正重要的东西。
真正的变化是无法被规则制约、预感或想象之中。
”；
4.“还是不要仅凭外表和印象就判断一个人比较好。
”；
5.“每个人都依靠自己的知识和认识，却又被之所束缚，还将这些称之为现实。
但知识和认识是非常暧昧的东西，那个现实也许只不过是镜中花水中月。
”。