实际上，要根据现有的档案、证词以及其他历史记录得出在南京大屠杀中遇难的确切人数或者较准确的估计数是非常困难的。
首先是档案的匮乏。
南京从1937年大屠杀发生直至1945年战败，都在日军占领之下。
因此，直到1946年中国国民政府正式还都南京之后，6月11日成立南京临时参议会时，才正式开始了对南京大屠杀的调查。
而对确认大屠杀经过最为重要的日本官方文件，已经被日本方面在1945年8月15日之后有计划地进行了销毁和隐藏。
中方的调查遇到诸多困难，最终提交的数字也有争议之处。
除了缺乏资料和众多大屠杀事件的受害者已经遇难之外，幸存者之中有的因为对自身补偿不报希望而对调查十分冷漠，有的则因为对于受害感到羞耻而隐瞒自身的情况。
南京大屠杀受害的具体人数难以准确考证的原因有以下四个：
1.日本人不会每杀一个人就登记造册，最终汇总成为一个南京屠杀总死亡人数数据。
中国军民当时处于束手就擒状态，官僚行政体系崩溃，同样没有办法直接统计被屠杀的同胞人数。
2.关于南京大屠杀没有一个直接的统计数据说明总体的死亡人数，后来的调查统计只能通过一些亲历者的描述、估计以及间接证据，去推测总体的死亡人数。
基于个人的见闻估算的数字，只是盲人摸象，严重受制于本人的认识局限。
一个生活在南京城鼓楼地区的居民，能见到的不过是周边几百米范围内的屠杀情况，没法掌握整个南京城的情况。
3.报纸上的零星报道无法提供统计数据。
于是，从一些亲历者口中我们可以看到关于南京大屠杀死亡人数的混乱表述：美国《每日电讯报》于1月下旬报道称 ：“一位传教士估计南京一地被杀害的人数达2万”。
一位外侨于1938年1月10 日写成的书信资料称：“实则据掩埋的统计 ，尸体共达四万具”。
4.要获得南京大屠杀可靠的数据非常困难。
当时南京城的人口有常住人口、流动人口、军事人员等，这些人相互交织，却没有可靠的实时统计数据。
1.有反抗的，只不过日军的攻击力过于强悍，南京守将唐生智只得下令撤退，军队做了最大努力的抵抗，这是有史料证明的，如张灵甫的部队；
2.日本人有枪，百姓家手无寸铁，当时军队没有守住，一部分军队都撤退了，有一部分战死，要知道国际惯例，从古至今杀战俘，杀投降的人都是为人道主义所不容的，但是日本人当时没有把这些放在眼里；
3.因为那是人们已经绝望了，也没有能力反抗，知道带头反抗没有好结果，而且也会被杀，当时因为汉奸的怂恿，说良民不杀，所以就没人敢反抗。