上世纪末，经过高校管理体制的调整，我国高校形成了中央和省级政府两级管理，以省级政府统筹管理为主的新体制。

除少数关系国家发展全局的高校以及行业特殊性强的高校继续由国务院委托教育部和其他少数部门管理外，多数高校由地方管理或以地方管理为主，而全国重点大学的提法目前也不再使用。

教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和服务社会方面发挥示范作用。

经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校划归教育部管理，目前总数为75所。

建国以来国家历次所确定的重点大学多为目前教育部的直属高校。