农业农村工作部门。按照国家机构改革方案，农业农村工作部门，承担国家乡村振兴工作重要职责，涉及乡村振兴的资金，都要从农业农村工作部门层层下拨，农村厕所改造为乡村振兴重要内容，补贴也归农业农村工作部门管。