某天，小樱从学校回家，在平常都没有人的地下书房发现似乎有什么人的样子。
小樱走下去一看，那里有一本闪耀着金色光芒的书。
里面装有牌，然而，在读写在上面的文字的时候，刮来了剧烈的风，牌四处飞散开去。
从书的最后，出现了名为可鲁贝洛斯的奇妙生物，书中写着“库洛牌的封印被解开之时，灾难就会降临世间”之类的话。
随后，可鲁贝洛斯将封印的钥匙交给了小樱，令她成为收复牌的魔卡捕获者。
当晚，小樱用魔法与实体化的魔卡对决，小樱牌篇小樱被认可为“库洛牌”的新主人。
新学期伊始，小樱的班级来了名为?泽艾力欧的奇怪的转学生。
从那个时候开始，友枝町再次开始发生奇怪的事情。
焕然一新的魔杖，小樱要让库洛牌转生为小樱牌。
第65集，小樱与雪兔与消失的力量：在一次偶然的机会中，小樱被秋月相中拍电影。
在拍摄过程中,雪兔体力不支，从阳台上突然坠落，小樱忙施魔法将其救下。
为了救雪兔，为了小樱，桃矢把自己的全部力量都给了月，而小樱也知道了真相，发誓一定要保护好哥哥。
《百变小樱》TV版动画分3季，第1季1至35集，于1998年4月播出；第2季36至46集为库洛牌篇，于1999年4月播出；第3季47至70集为小樱牌篇，于1999年9月播出。
《百变小樱》有两部剧场版，分别是剧场版1《香港之旅》，1999年8月21号放映，剧情在35至36集间。
2000年7月15号在70集之后放映剧场版2《被封印的卡片》。
剧场版2加映：小可特典，即包在小可身上。
《百变小樱》还有3集特别版，名叫《知世的活跃影像日记》，又名《知世的TV大作战》。
2018年1月播出续作《 魔卡少女樱：CLEAR CARD篇》。