FAT16、FAT32、NTFS是目前最常见的三种文件系统。
FAT16：以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows98等系统均支持FAT16文件系统。
它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇；FAT32：随着大容量硬盘的出现，从Windows98开始，FAT32开始流行，它是FAT16的增强版本，可以支持2T的分区，FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间；NTFS：微软WindowsNT内核的系列操作系统支的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。
NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小，簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能，此外，NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。
相关因素:
1. 移动硬盘本身的读写速度 ;
2. USB
2.0传输线的传输速度 ;
3. 台式机CPU的速度 ，略微影响数据复制速度;
4. 台式机南桥芯片的数据传输带宽 ;
5. 台式机本地硬盘的接口传输速度 ;
6. 台式机硬盘本身的读写速度 ，通常来说，主要限制还是在于移动硬盘本身的读写速度。
考虑重力影响的话，正面放置比较好。
移动硬盘，是以硬盘为存储介质，计算机之间交换大容量数据，强调便携性的存储产品。
移动硬盘多采用USB、IEEE1394等传输速度较快的接口，可以较高的速度与系统进行数据传输。
因为采用硬盘为存储介质，因此移动硬盘在数据的读写模式与标准IDE硬盘是相同的。