1.转录水平上的调控。
在传感基因上有该基因编码的传感蛋白。
外来信号分子和传感蛋白结合相互作用形成复合物。
该复合物作用于和它相邻的综合基因组，亦称受体基因，而转录产生信使RNA，后者翻译成激活蛋白。
这些激活蛋白能识别位于结构基因前面的受体序列并作用于受体序列，从而使结构基因转录翻译。
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2.信使RNA加工、成熟水平上的调控。
真核生物基因转录在细胞核内进行，而翻译则在细胞质中进行。
在转录过程中真核基因有插入序列，结构基因被分割成不同的片段，因此转录后的基因调控是真核生物基因表达调控的一个重要方面，首要的是RNA的加工、成熟。
各种基因转录产物RNA，无论核糖体RNA、转运RNA还是信使RNA，必须经过转录后的加工才能成为有活性的分子。
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3.翻译水平上的调控。
<方向密码在RNA聚合酶的催化下，以DNA为模板合成mRNA的过程称为转录。
在双链DNA中，作为转录模板的链称为模板链或反义链；而不作为转录模板的链称为编码链或有义链，编码链与模板链互补，它与转录产物的差异仅在于DNA中的胸腺嘧啶变为RNA中的尿嘧啶。
在含许多基因的DNA双链中，每个基因的模板链并不总是在同一条链上，亦即可作为某些基因模板链的一条链，同时也可以是另外一些基因的编码链。
转录后要进行加工，转录后的加工包括：剪接、加帽、加尾。
1.转录水平上的调控；
2.mRNA加工、成熟水平上的调控；
3.翻译水平上的调控。
基因表达调控的指挥系统有很多种，不同生物使用不同的信号来指挥基因调控。
原核生物和真核生物之间存在着相当大差异。
原核生物中，营养状况、环境因素对基因表达起着十分重要的作用；而真核生物尤其是高等真核生物中，激素水平、发育阶段等是基因表达调控的主要手段，营养和环境因素的影响则为次要因素。