门源回族自治县海拔高度在2388至5254米之间，平均海拔为2866米。门源回族自治县地处祁连山系东段，地形复杂，高差悬殊。北部祁连山麓群峰耸立，南部达板山高拔陡峻，大通河谷地较平坦。