区别如下：
1.免抵税额就是出口应退税额抵顶内销税额的部分，这部分是不退税的，从另一个角度考虑，假如这部分退税，那么内销那部分就要交税，这样此部分不退，内销相应的部分也不交，就两相抵了；
2.作为一般纳税人，当月购进货物多，进项税也就多，库存商品也就多，如果当期进项大于销项，就会出现留抵税金，同时也会有相应多的库存商品；
3.当期免抵税额指的是税务局在出口退税中应该退给企业，但是由于企业本身的增值税留抵税额不够，实际没有退的的差额部分；
4.当期免抵税额等于当期免抵退税额减去当期应退税额，当期期末留抵税额大于当期免抵退税额时，期末有一笔结转下期继续抵扣的金额。
实行“免、抵、退”税管理办法的“免”税，是指对生产企业出口的自产货物，免征本企业生产销售环节的增值税。
“抵”税，是指生产企业出口的自产货物所耗用原材料、零部件等应予退还的进项税额，抵顶内销货物的应纳税款。
“退”税，是指生产企业出口的自产货物在当期内因应抵顶的进项税额大于应纳税额而未抵顶完的税额，经主管退税机关批准后，予以退税。
免抵退是税收的一种形式，《财政部、国家税务总局关于进一步推进出口货物实行免抵退税办法的通知》规定：生产企业自营或委托外贸企业代理出口自产货物，除另行规定外，增值税一律实行免、抵、退税管理办法。
对生产企业出口非自产货物的管理办法另行规定。