1.吏部下设四司：文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。
验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。
稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。
考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
2.户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。
其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司：河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。
清增江南司，为十四司。
各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。
3.礼部下设四司：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事。
祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务。
主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。
精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
4.兵部下设四司：武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司。
车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事。
职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁。
武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。
5.刑部下设十七司：刑部各司除分核本省刑名外，职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。
6.工部下设四司：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。
清朝只有六部三院。
六部：
1.吏部：为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜涉之方，封授策赏之典，定籍终制之法；
2.户部：掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜；
3.礼部：掌典礼事务与学校、科举之事。
考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用，管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事；
4.兵部：明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令，清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构；
5.刑部：为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”；
6.工部为管理全国工程事务的机关，职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。
三院：
1.藩院掌：管外交；
2.都察院：掌管言官监事；
3.翰林院：相当于皇帝的秘书局。
1.吏部为管理文职官员的机关，相当于现在的政府和中纪委。
2.户部掌管全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜，相当于现在的税务局。
3.礼部掌管典礼事务与学校、科举之事，管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事，相当于现在的教育部和外交部。
4.兵部掌全国军卫、武官选授、简练之政令，相当于现在的军事部。
5.刑部主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，相当于现在的公安机关、法院、检察院。
6.工部管理全国工程事务的机关，相当于现在的市政局和环保局。