明朝之前玄武湖与长相连，江明太祖朱元璋建都南京时，为防止重演“侯景决湖灌城”事件，筑城时挖空心思地将玄武湖的西南角包入城墙之内，务使其水位绝对低于皇城。

玄武湖也因此缩小到只有大约一千年前六朝时的四分之一，从此湖水不再与长江相通。