根据有机化学规则，在较复杂的有机化合物分子式的命名中，一般是化学量较大的基团所含的碳原子的序号较前，氨基酸中最大的基团往往是羧基，所以羧基所含的碳原子编号为第一，即称为阿尔法(希腊字母第一位)，它还和氨基相连，所以叫阿尔法碳。