清除池塘淤泥有以下三种方法：池塘清淤的最简单的方法，排干池水，晒泥，然后人工挖挑多余的淤泥。
可以采取鱼稻、鱼稗、鱼瓜轮作的方法，先以塘泥种稻收稻、种瓜收瓜或种稗作为草食性鱼类青饲料，或部分作绿肥培植鱼种和鳞鱼、缩鱼的天然饵料。
当塘泥干化后用机械集中操作，将清淤与池塘维修和护坡紧密结合起来。
当池塘使用年限较短，堤埂较为完整，或池坡经过硬化，不需要大量维修，可采用浊流泵改装的清淤船，带水清淤作业，每年或隔年将部分淤泥带水输往池堤饲料地作为种青肥料，或输往其他低凹浅塘、废地，或年底非生产季节，排出大部分池水，利用专门的清淤机清淤。
1.生物方法：养殖吃草的鱼类或其他动物；
2.化学方法：喷洒除草剂，但会杀死所有的植物，包括鱼类需要的水草；
3.物理方法：人工清除，在水草种子成熟前清除，或人工切割水草。
注：水草一般是指可以生长在水中的草本植物，水生植物指生理上依附于水环境及部分生殖周期发生在水中或水表面的植物类群。
大型水生植物为除小型藻类以外所有水生植物类群。
清除池塘里的荷花的方法如下：用户可以在池塘中养殖较多的草鱼，在荷花春季发芽时，大量的嫩茎叶会被草鱼咬断和吃掉，这样莲藕就无法生长，如此即可清除池塘里的荷花；用户可使用加深水位的方法，通常即使是深水莲藕，所能适应的最大水深只有2米，将水位加深到3米，莲藕叶片很难深出水面，如此即可是荷花自然死亡；用户可向池塘中喷洒植物枯萎药剂，池塘中的荷花将会大量枯萎，如此即可清除池塘里的荷花。