1.出家后自然死亡，相传，朱允?逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于湄江的观音崖一带，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜，有的学者认为，朱允?并没有死，而是走了后门，到了山中去做了和尚，红崖天书就是他写下的;
2.自焚说，据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载,建文帝继位后,即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋,定策削藩，领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号,起兵南下,发起“靖难之役”，朱允?被逼自焚。
朱允文于1398年6月30日登基，后于1402年7月13日退位，共担任皇帝四年，年号建文，世称之为建文帝。
朱允文于1398年6月30日在朱元璋驾崩几日后作为太孙在南京即位，时年21岁。
朱允文在位期间增强文官在国政中的作用，宽刑省狱，并严惩宦官，同时改变其祖父朱元璋的一些弊政，史称“建文新政”。
后来，朱允文因靖难之役失败被朱棣篡位于1402年7月13日正式退位，同年燕王朱棣于南京登基，并改年号为永乐。
明太祖孝慈高皇后马氏（1332年一1382年）八月初八，本名不详，是归德府宿州人，滁阳王郭子兴的养女，明太祖朱元璋的原配结发妻子。
1352年（至正十二年），在郭子兴的主持下，马氏嫁给了时为红巾军将领的朱元璋。
马氏婚后与朱元璋感情深厚。
在朱元璋平定天下、创建帝业的岁月里，马氏和他患难与共。
马氏保持节俭朴实的生活作风，册后以后，仍亲自带领公主、嫔妃刺绣和纺织。
她自己也是以身作则，平时粗茶淡饭，缝补旧衣。
嫔妃皆敬服，都将她比拟为东汉时的明德皇后。
1382年（洪武十五年）农历四月，马皇后突然抱病。
八月，病逝，年51岁。
同年农历九月葬于明孝陵，谥号孝慈皇后。
1403年（永乐元年）上尊谥号：孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。
1538年加上尊谥号：孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后。