南京的二本院校有南京财经大学、南京工业大学、南京审计大学、南京信息工程大学等。
南京财经大学是一所以经济管理类学科为主，经济学、管理学、法学、工学、文学、理学等多学科支撑配套、协调发展的江苏省属重点建设大学。
前身是成立于1956年的粮食部南京粮食学校，2003年4月，经教育部批准，南京经济学院正式更名为南京财经大学。
南京工业大学位于江苏南京，具有百年办学历史，是国家首批入选2011计划的14所牵头高校之一，是国家111计划重点建设高校，是国家国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省人民政府共建高校，是江苏省重点建设高校、江苏省人才强校试点高校、国家首批深化创新创业教育改革示范高校、全国高校实践育人创新创业基地、教育部首批卓越工程师教育培养计划和专业学位研究生教育综合改革试点高校。
南京审计大学是中国唯一以审计命名的全日制普通本科院校。
学校与国家审计署同时诞生，与中国审计事业同步发展，是中国审计高等教育发源地之一，2011年学校变更为三部一省共建高校，南京审计大学起源于1983年的南京财贸学院。
1987年更为南京审计学院，由审计署和南京市人民政府联办，2002年南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院，2015年11月更名为南京审计大学。
南京信息工程大学享有中国气象人才摇篮之美誉，由江苏省人民政府、中华人民共和国教育部、中国气象局、国家海洋局共建，国家双一流世界一流学科建设高校，入选2011计划、特色重点学科项目、卓越工程师教育培养计划，具有完整的学士、硕士、博士教育培养体系，为世界气象组织成员，是一所以大气科学为特色，海洋、信息、环境、管理等多学科协调发展的全国重点大学。
南京的二本院校及今年的录取分数线：1、南京信息工程大学，2017年学校录取分数线为569分，最高分数为601分。
2、南京师范大学，2017年学校录取分数线为567分，最高分数为591分。
3、南京中医药大学，2017年学校录取分数线为564分，最高分数为599分。
4、南京工程学院，2017年学校录取分数线为567分，最高分数为612分。
5、南京林业大学，2017年学校录取分数为566分，最高分数为579分。
6、南京体育学院，2017年学校录取分数线为542分，最高分数为566分。
7、南京艺术学院，2017年学校录取分数线为548分，最高分数为582分。
8、东大医学院，2017年学校录取分数线为573分，最高分数为586分。
9、金陵科技学院，2017年学校录取分数线为557分，最高分数为577分。
南京以理科为主的大学有：南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京航空航天大学。
1.南京林业大学：是一所中央与江苏省共建并以江苏省管理为主的多科性大学，并且为江苏省十五所重点建设大学成员之一。
2.南京医科大学：是中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府三方重点共建的大学，教育部卓越医生教育培养计划试点高校。
3.南京中医药大学：是中国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省与国家中医药管理局共建高校。