昌吉回族自治州全州辖5县（玛纳斯县、呼图壁县、吉木萨尔县、奇台县、木垒哈萨克自治县）、2市（昌吉市、阜康市）、3个国家级园区（新疆准东经济技术开发区、昌吉高新技术产业开发区、昌吉国家农业科技园区），总面积7.39万平方千米。原米泉已划规乌鲁木齐市。