博斯腾湖地处中纬度地区、中国距离海洋最远的省份——新疆，湖滨湿地因受博斯腾湖水域的调节，形成了春季气候多变，夏季干旱炎热，秋季降温迅速，冬季严寒的典型大陆性荒漠气候，也是南北疆气候的过渡带。