二者主要有以下几种区别：
1.《孙子兵法》是一本兵书，由孙武所著，而孙吴兵法则不是指某一本书，而是指孙武与吴起所著兵法著作的统称；
2.《孙子兵法》书中所述主要为孙武的兵家思想以及策略，孙吴兵法则不仅包换了所有孙武的思想，同时也有亚圣吴起的思想；
3.《孙子兵法》成书的目的在于传授与继承，而孙吴兵法则主要用于研究比较之用，将孙武与吴起的战略做比较。
兵者，诡道也。
故能而示之不能，用而示之不用，近而示之远，远而示之近。
利而诱之，乱而取之，实而备之，强而避之，怒而挠之，卑而骄之，佚而劳之，亲而离之，攻其无备，出其不意。
此兵家之胜，不可先传也。
孙子曰： 兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也。
势者，因利而制权也。
故用兵之法，十则围之，五则攻之，倍则战之，敌则能分之，少则能逃之，不若则能避之。
故小敌之坚，大敌之擒也。
不尽知用兵之害者，则不能尽知用兵之利也。
故曰：知彼知己，百战不殆；不知彼而知己，一胜一负；不知彼不知己，每战必败。
共同点是：核心思想是类似并且一脉相承的，都有“战争是政治斗争最激烈表现”的思想和军事辩证法的思想。
不同点是：孙子兵法很明确说明了“兵者，国之大事也”的思想，认识到战争的胜利根本取决于国力、民心向背、将领素质等因素，尤其重视治国胜过用兵，并在兵法中详细阐述了“虚实”这一战争辩证法。
毛泽东是东西方军事思想的集大成者，既有对中国古代军事思想中战争谋略的深刻理解，又继承了马克思主义的军事辩证法，还从清末太平天国农民运动和湘军的组织中吸取了实践经验，其“人民战争”思想至今鼓舞着全世界的受压迫人民的武装斗争。