农村合作医疗缴费后是在次年的一月一日生效,而保费截止日期是次年的十二月三十一日。一般情况下,新农合的缴费期是每年九月至十二月,交的是下一年度的费用。首次办理新农合的用户,也需要至少三个月后才能生效。