合同工在于是工作人员与用人单位直接签订劳动合同或者劳务合同，受劳动法监督管理；而事业编制则是通过参加事业编制招考而进入的，签订劳动聘用合同，不受劳动法监督管理，而是按照事业人员工作条例管理。