二者各有千秋。
济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生。
1959年改为济宁医学专科学校。
1987年1月经原国家教育委员会批准更名为济宁医学院。
2008年4月学校以优秀成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
截至2013年6月，济宁医学院有济宁、北湖、日照3个校区，占地总面积为124万余平方米，建筑面积67万余平方米。
菏泽医专是一所省属高等医学院校，坐落在著名的牡丹之乡牡丹区西郊。
其前身是平原省菏泽卫生学校，始建于1980年冬。
1985年经山东省人民政府批准改建为菏泽市医学专科学校，设五年制医疗专业，后几经调整，1988年经国务院批准，定名为菏泽医学专科学校。
济宁医学院和新乡医学院各有其重点专业，其中济宁医学院的学风很好，最好专业是精神卫生专业，而新乡医学院的临床医学专业最好。
因此考生若希望学习精神卫生专业可以报考济宁医学院，若希望学习临床医学专业可以报考新乡医学院。
新乡医学院简介：新乡医学院位于新乡市，国家“十三五”中西部高校基础能力建设工程支持高校，是河南省属普通本科院校，也是河南省唯一一所独立建制的西医本科院校，教育部卓越医生教育培养计划建设高校。
学院始创于十九世纪末，历经平原省医科学校、新乡专区医学院、豫北医学专科学校等，1982年升格为本科，同时定名为新乡医学院，1998年，成为硕士学位授予单位。
济宁医学院简介：济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生，1959年改为济宁医学专科学校，1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院，2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
济宁医学院比长治医学院好，其部分原因如下所示：
1.地理位置方面：济宁医学院位于山东济宁市，是全国大型城市，地处孔孟之乡，学风浓郁；而长治医学院坐落于山西省长治市，地理位置稍逊。
2.医学专业方面：济宁医学院有全省唯一的医学类国家级精品课程，2个国家级特色专业，2个省级特色专业，5个重点学科，专业质量及其数量好于长治医学院。
3.医学期刊方面：济宁医学院发行亚洲唯一的行为医学期刊，《中国行为医学与脑科学》，特种医学文献影响因子国内前三，比长治医学院好；
4.附属医院方面：济宁医学院的附属医院是全国一流的，特别是心外科，全国前十，山东第一，全国前十的心外医院，只有济宁医学院附属医院是唯一的三甲综合医院，其他的全是专科医院；而长治医学院则稍逊一筹。