在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。
但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。
忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称:武藏，甲斐，越后，信浓，等四州，伊贺，甲贺，纪伊，等叁州，其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
日本忍者的由来：忍者的工作，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。
由于生前必须隐姓埋名，过着终生见不得天日的生活；更不能留下只言词组，以免日后东窗事发，忍术秘本中，留有圣德太子身边有位名叫“大伴细人”忍者的记载。
所以，现在一般说忍术是十七世纪左右日本幕府时代的产物，德川幕府时发展到顶峰。
忍者的起源可以追溯到公元七世纪，后来逐渐形成各种流派，较著名的有伊贺派、古贺派等。
忍者，原本只是一种对于“忍术修炼者”的称呼，而某些自成派系的“忍术修炼者”本身就拥有众多门下弟子。
这些“忍术修炼者”自己本身或门下弟子私底下就利用自己所习得的“忍术”培养了属于个人所拥有的“专属私人部队”，开始以企业化及军事化的经营理念方式管理，时而得受予金钱成为职业杀手雇佣兵，也时而受雇于政府单位部门执行敌后任务。
日本忍者的训练方法如下：食指的是忍者的食谱，为了轻巧出没于树枝屋顶，炼出一身卓越轻功，合格的忍者体重一般不超过六十公斤，一日三餐均以黑米、燕麦、豆腐、磨芋为主。
香指忍者能通过衣服上的味道判断对方的经济情况与地位，但为了掩饰自己忍者身份，忍者常用商人、修炼者、和尚等七种变身，在传承馆展出的丁香、檀香、桂皮等香料便是他们用来制造不同的体味，增强变身的真实性时使用的。
药更不简单，忍者通常也是一名医生与药物专家，善于运用山林各种植物和草药来治伤医病。
长时间潜伏时为避免蚊虫叮咬，忍者随身携带着大量驱虫药。
气指忍者注重修身养性，以便实战中可以集中精力，果断勇猛且处惊不变。