非广东户籍居民在深圳办理港澳通行证的操作步骤如下：首次申请往来港澳通行证和签注，申请人本人到当地公安分局出入境办证大厅递交申请，不能委托代办，提交申请人身份证、户口簿复印件，交验原件。
军人须交验身份证明。
申请人浅蓝色底正面半身彩照一张贴在申请表上。
属首次或换发港澳通行证的，须提交已与省厅照片检测中心联网的照片回执。
签注种类：3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注。
办理需要花费的时间：申请《往来港澳通行证》及签注：15个工作日，网上申请、电话申请签注8个工作日，窗口申请、邮政代办点申请签注10个工作日。
<1.年满16周岁，不属于国家工作备案人员；
2.持有长期有效（有效期为十年）的《深圳居住证》，且持有时间已超过一年；
3.属于深圳市各级政府聘用人员，国有、民营、中外合资、外资企业从业人员和个体工商业主；
有两种方法：
1.通过省厅的网上续签，这个是由你户籍所在城市签的，网上批准后，就等邮局上门收证件、给钱就可以，速度就要看你当地城市的办事效率了，一般3个星期会收到证件；
2.直接到宝安区公安分局的出入境办证厅办理非深户续签，必须有深圳居住证和过去12个月连续的社保，需要资料有身份证、户口本，都要原件和复印件、居住证、蓝底照片，一般两个星期能收到证件。