种蛋堆在一起消毒的确存在消毒不彻底的问题。因为种蛋堆往往很大，堆中间的蛋很难被消毒液充分接触。此外，消毒液的浓度、温度、时间等因素都会影响消毒效果。因此，消毒过程中需要注意以上问题，避免造成疫情扩散或者种蛋的病毒污染。
最好的方式是将种蛋分别消毒或进行局部消毒，确保消毒达到彻底的效果。
种蛋堆在一起消毒的方法并不一定不彻底，关键在于消毒方式和操作是否得当。在实际操作中，可以通过适当调整消毒液的浓度和使用方式，同时确保蛋堆堆叠整齐、消毒液覆盖全面，确保所有蛋表面都得到了足够的消毒效果。此外，消毒后仍需做好消毒后管理，保持合适的温湿度和通风条件，有效防止病害侵袭，确保蛋的健康和孵化成功率。