蓝藻虽无叶绿体，但细胞质中有很多类囊体，各种光合色素均附于其上，光合作用过程在此进行。
蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、内质网和液泡等细胞器，含叶绿素a，无叶绿素b，含数种叶黄素和胡萝卜素，还含有藻胆素。
蓝藻的细胞壁和细菌的细胞壁的化学组成类似，主要为粘肽，贮藏的光合产物主要为蓝藻淀粉和蓝藻颗粒体等。
蓝藻的处理方法：
1.排水：蓝藻喜欢强光，在晴天的中午，排去30厘米到40厘米的表层水体，可有效地降低池水中蓝藻的数量。
2.杀藻：早晨用生物蓝藻灭水体泼洒，3小时后使用复合枯草芽孢杆菌加适量池水浸泡3小时以上，因此种水体容易缺氧，水体需注意增氧，夜间抛洒氧源。
3.调水：光合细菌调节水质，控制水体中氮磷的含量。
4.培水：在高温季节，水体中的磷往往不足以供应绿藻、硅藻等藻类的生长需要，使这些藻类的生长繁殖受到限制，蓝藻就乘机生长爆发，所以适量施磷肥，培养有益藻类，可有效预防蓝藻的发生。
蓝藻进行有氧呼吸的方式：蓝藻虽然没有叶绿体但含有很多光合色素像藻蓝素、叶绿素等等还有很多与有氧呼吸有关的呼吸酶，另外蓝藻虽无叶绿体，但在电镜下可见细胞质中有很多光合膜，叫做类囊体，各种光合色素均附于其上，光合作用过程在此进行。