三湖慈鲷的雌雄辨别根据鱼种的不同，辨别的方法也不一样，对于雌雄两态的三湖慈鲷来说，雌鱼与雄鱼体色和条纹差异很大，只要知道了品种，再查找相关图片就可以轻易辨认，具体辨别方法如下：

1.雄性蓝波臀鳍上会有较多的卵斑，而雌性几乎没有。

2.雄性萨伊蓝六间会起头，而雌性不会。

3.雄性蓝面蝴蝶的嘴巴是像前凸的，而雌性蓝面蝴蝶的嘴是呈圆弧形的。

4.雄性三湖慈鲷的生殖乳头是比较尖的，而雌性三湖慈鲷比较圆。

上面的方法虽然可以解决部分三湖慈鲷的辨别难题，但有一定的误差，而且局限性很大，被公认的比较准确的方法是查看生殖乳头的大小判断，在同样大小的鱼中雄性三湖慈鲷的生殖乳头较小，而雌鱼为方便排卵，生殖乳头比雄鱼大的多，但有些非口孵类的三湖慈鲷卵的体积比较小，靠生殖乳头的大小就不好判断了，这时候还需要结合形状来判断，雄性三湖慈鲷的生殖乳头是比较尖的，而雌性三湖慈鲷比较圆。