医疗断交3个月不会影响社保缴费年限。因为社保缴费年限是按照实际缴费时间累计的，与医疗断交无关。但是如果超过3个月没有缴纳社保，就会影响到社保缴费年限的累计。建议及时缴纳社保，以免影响个人社保权益。