答：主要区别是性质不同。

第一，兔子耳癣是真菌感染。

第二，而兔子耳螨是螨虫寄生。兔子耳螨也叫做兔痒螨病，是由痒螨引起的，传染性极强，这时的兔子会频繁的摇头挠耳。