两人都是医术高明的名医，没有直接关系。
华佗，字元化，沛国谯县人，东汉末年著名的医学家，与董奉、张仲景并称为建安三神医。
少时曾在外游学，行医足迹遍及安徽、河南、山东、江苏等地，钻研医术而不求仕途。
他医术全面，尤其擅长外科，精于手术。
并精通内、妇、儿、针灸各科。
晚年因遭曹操怀疑，下狱被拷问致死。
华佗被后人称为外科圣手、外科鼻祖。
被后人多用神医华佗称呼他，又以华佗再世、元化重生称誉有杰出医术的医师。
扁鹊，汉族，姬姓，秦氏，名越人，又号卢医，渤海人，春秋战国时期的人。
因他医术高超，被认为是神医，所以当时的人们借用了上古神话的黄帝时神医扁鹊的名号来称呼他。
少时学医于长桑君，尽传其医术禁方，擅长各科。
在赵为妇科，在周为五官科，在秦为儿科，名闻天下。
秦太医医术不如他，就叫人刺杀他。
扁鹊奠定了中医学的切脉诊断方法，开启了中医学的先河。
扁鹊，生于公元前407年，卒于公园前310年，姬姓，秦氏，名缓，字越人，又号卢医，春秋战国时期名医。
春秋战国时期渤海郡郑人。
由于他的医术高超，被认为是神医，所以当时的人们借用了上古神话的黄帝时神医“扁鹊”的名号来称呼他。
少时学医于长桑君，尽传其医术禁方，擅长各科。
在赵为妇科，在周为五官科，在秦为儿科，名闻天下。
秦太医李醯术不如而嫉之，乃使人刺杀之。
扁鹊奠定了中医学的切脉诊断方法，开启了中医学的先河。
相传有名的中医典籍《难经》为扁鹊所著。
华佗，约公元145年至公元208年，字元化，一名?，沛国谯县人，东汉末年著名的医学家。
华佗与董奉、张仲景并称为“建安三神医”。
少时曾在外游学，行医足迹遍及安徽、河南、山东、江苏等地，钻研医术而不求仕途。
他医术全面，尤其擅长外科，精于手术。
并精通内、妇、儿、针灸各科。
晚年因遭曹操怀疑，下狱被拷问致死。
解释如下：
1.不是同一时代的人无法比较，就像关羽战岳飞，但是二者都是他们各自世代最著名的医学大师，而根据时代总是不断前进的道理，医学也是不断进步的；
2.扁鹊为战国时代人，时代在前，华佗为东汉末人，时代在后，扁鹊掌握的一些医理华佗也可能会，但是华佗掌握的东汉时先进技术，扁鹊却不一定能掌握；
3.华佗的医术应该更胜一筹同是名医，华佗的时代是三国时期，离扁鹊的时代已经过去八百年，这八百年间社会生产力的发展，人类对自然科学的认识等等医学发展的背景知道都有了大幅度的变化，华佗是站到扁鹊永远都站不到的高度来看病的。
综上所述，华佗和李时珍相比，华佗的医术更厉害。