我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1g或1ml检样中所含细菌菌落的总数。
大肠菌群包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。
致病菌既能够引起人们发病的细菌。
食品卫生的问题有：
1.食品的来源渠道复杂，难以识别；
3.食品卫生的检查力度不狠、不严。
解决办法：
1.切实转变观念，真正做到注重实体法的同时必须把程序 法等量齐观，从而对超期结案现象引起足够重视，只有思想上提高了认识，才能在行动上加以贯彻落实，从主观上自觉杜绝，超期结案现象的发生。
2.严格依法行政，有些案件由于一时解决起来难度和阻力较大，从领导到办案人员都容易产生“等、缓”的思想,这就给行政相对人造成可乘之机，给及时结案带来更大难度，使一些案件的行政处罚过轻或不了了之，导致延误结案时间，这种现象必须彻底清除，严格执行法律关于办案期限的规定。
3.提高队伍素质，严格执行国家质检总局制定的五公开“十不准”，对违规人员及时从执法队伍中清除，从客观上保证必需的办案力量和办案条件，提高办案效率，防止延误办案期。
食品安全关系到社会的稳定以及人民生活生产，食品安全关系到社会生产以及国民经济发展，食品安全关系社会动荡以及国际关系。
随着我国社会主义市场经济不断发展，食品安全逐渐成为备受关注的焦点，食品的种类越来越丰富，新的食品安全问题不断涌现，严重危害人民群众的身体健康，食品安全尤为重要食品质量安全关系到人民群众的身体健康，生命安全及社会经济。
但我国的食品供应体系主要是围绕解决食品供给量问题而建立起来的，对于食品质量安全的关注程度不够。